1. Programa de Investigación Cientifica
2. Programa de Conservación
3. Programa de Recuperación de Técnicas Textiles Prehispánicas
4. Programa Recuperación de Especies Nativas
5. Programa Educación Ciudadana
6. Programa Acércate a Cajamarquilla
7. Venta de Artesanías por Internet

En setiembre de 2002 se inauguró la muestra temporal "Acércate a Cajamarquilla", exposición que tuvo como principal objetivo el difundir la importancia del sitio arqueológico a través de la exposición de diferentes hallazgos, evidencias e investigaciones arqueológicas desarrolladas en este importante sitio arqueológico.
La muestra tuvo cuatro puntos centrales:

1. Mostrar los agentes de deterioro a los que Cajamarquilla está expuesta: crecimiento poblacional, deterioro de la arquitectura de adobe, vandalismo y huaqueo.

2. Mostrar la información arqueológica del sitio a través del tiempo, función, ocupaciones, materiales asociados, investigadores, etc.

3. Mostrar los programas para la puesta en valor de Cajamarquilla:
- Investigación Arqueológica,
- Conservación del Material Arqueológico
- Reconstrucción de Técnicas Textiles Prehispánicas
- Recuperación de Especies Nativas
- Educación Ciudadana

4. Convocar a la ciudadanía a participar en la conservación del complejo arqueológico a través del programa Acercate a Cajamarquilla